Naprapatbehandling tar sin utgångspunkt i den diagnos naprapaten ställt. Utifrån denna utformas en behandlingsplan för hur naprapaten bäst kan behandla patientens symtom med utgångspunkt från individens förutsättningar. Naprapatbehandling innebär att manuella behandlingstekniker kombineras för att behandla besvär i muskler och leder. Behandlingen riktas mot att korrigera orsaken till patientens besvär samt att fastställa vad som kan ligga bakom den symtomgivande strukturella eller funktionella förändringen, detta för att uppnå långsiktiga behandlingsresultat och minska risken för återfall.
Naprapatbehandling kan dels utföras som en direkt behandling riktad mot den struktur eller funktion som ger upphov till patientens symtom eller som en indirekt behandling riktad mot den eller de områden som i sin tur påverkar den struktur eller funktion som ger upphov till patientens symtom.
Den kliniska bedömningen, där även hänsyn tas till patientens individuella förutsättningar, är avgörande för hur naprapaten väljer att kombinera de olika naprapatiska behandlingsteknikerna, på ett för patienten optimalt sätt. Detta innebär att två individer med samma symtom kan komma att behandlas på olika sätt utefter sina individuella förutsättningar.
Vid val av behandlingsterapi är det också viktigt att väga in eventuella risker med behandlingen för varje patient. Dessa bedöms utifrån den anamnes, undersökning och den kliniska bedömning som genomförts. Kompletterande undersökningar måste ibland utföras för att fastställa diagnosen eller om en viss behandling är lämplig. En av naprapatins styrkor är bredden av behandlingstekniker, vilket innebär att det finns en stor valmöjlighet att använda olika behandlingstekniker vid samma typ av skada.
En annan viktig avvägning som naprapaten gör vid val av behandling är att fastställa var i läkningsprocessens förlopp (akuta fas, subakut fas osv.) som individen befinner sig. Hänsyn tas också till om besvären är återkommande och/eller om det finns en underliggande patologi. Det innebär att den behandling som ges vid ett visst tillfälle inte behöver vara densamma vid ett annat tillfälle. Även om det är samma skada som tidigare gett upphov till patientens symtom och behandlats effektivt med en viss metod kan förutsättningarna vara annorlunda. För att nå ett bra behandlingsresultat vid ett annat tillfälle kan en annan behandlingsstrategi vara nödvändig.
De flesta skador har ett naturligt läkningsförlopp om kroppens läkande förmåga är intakt. Om så inte är fallet bör åtgärder i form av behandling och rehabilitering sättas in i tid, för att stimulera läkningsprocessen.
Behandlingsplanen baseras alltså på en lång rad faktorer såsom vilken struktur som är skadad, vilken funktionsförändring som föreligger, skadans omfattning, symtomens intensitet och omfattning, var i läkningsförloppet patienten befinner sig, det allmänna hälsotillståndet (inklusive både fysiskt och psykiskt hälsa), individens förutsättningar osv. Behandlingen utformas med olika kombinationer eller val av de naprapatiska behandlingsteknikerna såsom manipulation och mobilisering av ryggraden, nervmobilisering och olika typer av mjukdelsbehandlingar) och kompletteras vanligen med tränings- eller rehabiliteringsprogram och i förekommande fall med någon form av ergonomisk rådgivning.
Naprapaten försöker hjälpa patienten att skapa en balans mellan rörlighet, styrka och koordination för att på så sätt kunna upprätthålla en optimal neuromuskuloskeletal funktion.